Mae PAVO yn elusen gofrestredig ac yn gwmni cyfyngedig trwy warant. Caiff ei lywodraethu gan fwrdd ymddiriedolwyr / cyfarwyddwyr. Caiff hyd at 9 o ymddiriedolwyr eu hethol gan aelodau PAVO yn y Cyfarfod Cyffredinol Blynyddol. Mae gan y bwrdd bwerau i gyfethol ac i greu aelodau bwrdd ex-officio.
Mae PAVO wedi ennill Marc Safon PQASSO Lefel 2 am ddau dymor yn olynol am ansawdd ei lywodraethu a'i rheolaeth.